La defensa natural de la planta de la papa contra los hongos y los insectos es un gran contenido en las hojas, los tallos y los brotes de un compuesto tóxico denominado glicoalcaloides (por lo general, solanina y chaconina). Los glicoalcaloides están presentes por lo general en pequeñas cantidades en el tubérculo, y la mayor concentración está inmediatamente debajo de la piel. 

Las papas se deben almacenar en lugares oscuros y frescos para evitar que aumente el contenido de glicoalcaloides. Al estar expuestas a la luz, las papas adquieren un color verde porque aumenta su contenido de clorofila, lo que también indica el aumento del contenido de solanina y chaconina. Dado que la cocción no destruye estas sustancias, es necesario eliminar las partes verdes y pelar las papas antes de cocinarlas.